貨物運輸代理服務，是指接受貨物收貨人、發貨人、船舶所有人、船舶承租人或者船舶經營人的委托，以委托人的名義，為委托人辦理貨物運輸、裝卸、倉儲和船舶進出港口、引航、靠泊等相關手續的業務活動。一般納稅人增值稅適用稅率為6%，小規模納稅人增值稅征收率為3%。

《財政部 稅務總局關于全面推開營業稅改征增值稅試點的通知》（財稅〔2016〕36號）附件2《營業稅改征增值稅試點有關事項的規定》第一條第（三）款第4項規定：“經紀代理服務，以取得的全部價款和價外費用，扣除向委托方收取并代為支付的政府性基金或者行政事業性收費后的余額為銷售額。向委托方收取的政府性基金或者行政事業性收費，不得開具增值稅專用發票?！必浳镞\輸代理服務屬于現代服務—商務輔助服務—經紀代理服務--貨物運輸代理服務，適用上述文件規定計算銷售額。

這里需要特別說明的是無車承運與貨運代理的區別：無運輸工具承運業務，按照交通運輸服務繳納增值稅。無運輸工具承運業務，是指經營者以承運人身份與托運人簽訂運輸服務合同，收取運費并承擔承運人責任，然后委托實際承運人完成運輸服務的經營活動。貨物運輸代理服務，是指接受貨物收貨人、發貨人、船舶所有人、船舶承租人或者船舶經營人的委托，以委托人的名義，為委托人辦理貨物運輸等相關手續的業務活動，按照經紀代理服務繳納增值稅。兩者承擔的責任不同，無車承運企業要承擔運輸責任，包括運輸途中對毀損貨物的賠償等；而貨運代理模式下，要承擔運輸責任的只是實際的承運人，貨代企業只擔任了撮合兩者交易的中間人角色?！盁o車承運人”是以承運人的身份向貨主收取運費。在整個運輸過程中，“無車承運人”在收取貨主運費后，需委托實際承運人完成運輸，并向其支付運費，賺取兩者的運費差價；貨運代理人收取的是服務中介費。因此，是否賺取運費差價，是判斷經營者是否承攬無車承運業務的重要依據。

對提供國際貨物運輸代理服務，根據《財政部 國家稅務總局關于全面推開營業稅改征增值稅試點的通知》（財稅〔2016〕36號）規定，納稅人提供的直接或者間接國際貨物運輸代理服務免征增值稅。1.納稅人提供直接或者間接國際貨物運輸代理服務，向委托方收取的全部國際貨物運輸代理服務收入，以及向國際運輸承運人支付的國際運輸費用，必須通過金融機構進行結算。2.納稅人為大陸與香港、澳門、臺灣地區之間的貨物運輸提供的貨物運輸代理服務參照國際貨物運輸代理服務有關規定執行。3.委托方索取發票的，納稅人應當就國際貨物運輸代理服務收入向委托方全額開具增值稅普通發票。